Efrem nasceu na cidade de Nisibi, situada na Turquia, no ano 306. Sua mãe era cristã e seu pai era um sacerdote pagão. Esta divergência familiar sintetiza o mundo em que Efrem viveu sua infância e juventude. Sua mãe era favorável à liberdade religiosa e educou o filho na fé cristã. Seu pai, porém, não aceitava a fé praticada por sua esposa e seu filho.