Clotilde nasceu na cidade de Lion, França, em 475. Seu pai era o rei Childerico de Borgonha. Sua família passou por um momento trágico quando Clotilde era ainda menina. Um tio de Clotilde, irmão do rei, assassinou o pai dela, a mãe e três irmãos e assumiu o trono. Somente duas filhas do casal real não foram mortas. Uma delas era Clotilde.