Ruperto nasceu na Casa Real Merovíngia, como descendente nobre dos Rupertinos, condes que tinham domínio sobre a região da Áustria conhecida como do médio e do alto Reno, o famoso rio que passa pelos Alpes. Os Rupertinos tinham parentesco com os Carolíngios. O centro de atividades dessas famílias ficava em Worms, na atual Alemanha. Lá, Ruperto recebeu sua primeira formação de monges irlandeses.