Pedro Canísio nasceu no dia 8 de maio de 1521, onde situava-se o ducado de Geldern, hoje, Holanda. Diferente dos outros garotos, buscava os livros de oração ao invés das brincadeiras. Aos doze anos reunia crianças para ensinar a elas trechos da Bíblia e do catecismo da Igreja. Muito aplicado aos estudos, quando completou quinze anos foi enviado por seu pai à cidade de Colônia para estudar. Com apenas dezenove anos, ele concluía o doutorado em filosofia.