São Francisco Xavier nasceu nas terras de sua própria família denominada Xavier, Reino de Navarra, na península Ibérica, no dia 7 de Abril de 1506. Foi o filho caçula da família. Seu pai se chamava Juan de Jasso e era um aristocrático conselheiro do Rei de Navarra, João III. Sua mãe se chamava Maria de Azpilicueta y Xavier, era de família nobre também de Navarra.